Bár a napvitorlák általában alacsony karbantartási igényűek, rendszeres odafigyeléssel elkerülhetők az anyag károsodásai és a szerkezet gyengülése. A legfontosabb teendő a napvitorla tisztítása, amit évente legalább kétszer, de szennyezett környezetben ennél gyakrabban is el kell végezni. A tisztítás megkezdése előtt távolítsuk el a vitorlát a rögzítési pontokról, hogy könnyebben hozzáférjünk minden részéhez. Az enyhe szennyeződéseket langyos vízzel és enyhe mosószerrel lehet letisztítani, puha szivaccsal vagy kefével. Kerüljük az erős vegyszereket, a fehérítőket vagy a magas nyomású vízsugarat, mivel ezek károsíthatják az UV-szűrő réteget és az anyagot.
Az esetleges penész és algásodás eltávolítása szintén fontos, ha esetleg nedvesebb éghajlaton kialakult volna. Ilyenkor enyhe mosószert és ecetet keverjünk össze, és ezzel a keverékkel töröljük át az érintett területet. Ezután alaposan öblítsük le tiszta vízzel, és hagyjuk teljesen megszáradni a vitorlát, mielőtt újra felszerelnénk. A szárítás kulcsfontosságú, mivel a nedvesség elősegítheti a penész kialakulását.
A rögzítőelemek ellenőrzése szintén rendszeres karbantartási feladat. Évente legalább egyszer érdemes megvizsgálni a napvitorla rögzítési pontjait, például a kampókat, csavarokat, oszlopokat és a kötélzetet. Ellenőrizzük, hogy nincsenek-e rozsdásodó, kilazult vagy sérült elemek, és szükség esetén cserélni kell őket időjárásálló, rozsdamentes acél vagy galvanizált változatokra. A rögzítők állapota fontos a stabilitás szempontjából, különösen szeles időben.
Az időjárási körülményekhez való alkalmazkodás is a napvitorla karbantartásának része. Erős szél, vihar vagy havazás esetén érdemes leszerelni a napvitorlát, hogy elkerüljük a szakadásokat és a rögzítési pontok terhelését. A hó súlya extrán veszélyes lehet, mivel a napvitorlákat nem terhelésre tervezték. Az ilyen időszakokban tároljuk a vitorlát száraz, jól szellőző helyen, hogy ne károsodjon.
A téli tárolás során ügyeljünk arra, hogy a napvitorla teljesen tiszta és száraz legyen, mielőtt eltesszük. Hajtsuk össze gondosan, és tároljuk egy vízhatlan, légáteresztő tárolózsákban. Ne tegyük közvetlenül a földre, hanem inkább polcra vagy emelt helyre.